Τα γιγάντια πτερύγια των ανεμογεννητριών σκοτώνουν χιλιάδες πουλιά και νυχτερίδες κάθε χρόνο. Ο αριθμός των ζώων που πεθαίνουν δεν είναι εξακριβωμένος. Τα μεγάλα φτερά των ανεμογεννητριών που περιστρέφονται στον αέρα φαίνονται πολύ γαλήνια και ήρεμα σε κάποιον περαστικό. Ωστόσο, αυτό που πολλοί δεν γνωρίζουν είναι ότι αποτελούν «σφαγείο» των πτηνών. Τα στροφεία κινούνται στην άκρη του πτερυγίου με πάνω από 300 μίλια την ώρα.

Ο αριθμός των νεκρών πτηνών από τις ανεμογεννήτριες κυμαίνεται στις 10.000 με 100.000 κάθε χρόνο. Ωστόσο, αυτό που ανησυχεί ιδιαίτερα τους οικολόγους και ζωόφιλους είναι ότι σπάνια είδη πουλιών συγκρούονται με τους ανεμόμυλους. Πρόκειται κυρίως για σπάνια αρπακτικά είδη πτηνών.

Και οι νυχτερίδες είναι ένα είδος που απειλείται από τα πτερύγια των ανεμογεννητριών. Από κάθε ανεμογεννήτρια σκοτώνονται κατά μέσο όρο δέκα έως δώδεκα νυχτερίδες. Δηλαδή οι συνολικά 25.000 ανεμογεννήτριες σκοτώνουν χονδρικά 250.000 νυχτερίδες ετησίως. Ένας πραγματικά ασύλληπτος αριθμός, σύμφωνα με τους οικολόγους.

Ως συμβιβαστική λύση μεταξύ των οικολόγων και των φορέων εκμετάλλευσης αιολικής ενέργειας προτείνουν οι ερευνητές να απενεργοποιούνται οι ανεμογεννήτριες την εποχή κατά την οποία ταξιδεύουν ιδιαίτερα πολλές νυχτερίδες. Σε ό,τι αφορά τα πουλιά δεν φαίνεται να υπάρχει μια εύκολη λύση, καθώς τα διάφορα είδη πουλιών μετακινούνται σε διαφορετικές εποχές.